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南沙区有中小学91所，其中公办学校82所、民办学校9所;其中小学62所、初中11所、九年一贯制学校8所、十二年一贯制学校1所、完全中学8所、中等职业技术学校1所；区内幼儿园共123所，其中公办幼儿园37所、民办幼儿园86所。全区普通高中市一级及以上优质学位100%，义务教育学校标准化达标率100%，广东省教育强镇覆盖率100%，在全市率先实施公办学校十二年免费教育。

南沙区先后成为“全国义务教育发展基本均衡区”“广东省教育强区”“广东省推进教育现代化先进区”“广东省学前教育改革发展实验区”，荣获第四届全国教育改革创新优秀奖。2018年，与教育部课程教材发展中心合作共建“基础教育课程改革实验区”，是广东省首家实验区，也是全国十二个基础教育课程改革实验区之一；2019年，与中国教育报刊社合作共建全国首家“教育品牌示范区”。